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化苑讲坛

Daresbury Laboratory高级计算科学家吕游博士作客第543期化苑讲坛

作者:  发布:2022-01-03 18:30:13  点击量:

报告题目:Showcasing Py-ChemShell v21—Introducing the Brand New Biomolecular Simulation Workflow

报告人:吕游 博士(Daresbury Laboratory高级计算科学家

报告时间:202215(周三) 19:00-21:00

报告地点:东三楼321会议室

报告摘要:

ChemShell是一个高度可脚本化的计算化学程序。除了支持各种类型的计算以外,ChemShell的主要优势在于作为多个软件之间的接口能很好地处理量子力学/分子力学(QM/MM)组合计算。Py-ChemShell是基于当今最流行的编程语言Python对原始基于Tcl语言的Chemshell进行重新开发。就在两周前,Py-ChemShell发布最新版V21。该版本中最突出的特点在于拥有全新的生物大分子模拟工作流程,可自动执行用于QM/MM计算的反应模型构建。它显著降低了使用QM/MM方法进行理论化学计算的门槛。在本讲座中,Py-ChemShel项目的首席开发人员吕游博士将通过代码来演示运行该软件的基本流程。


报告人简介:

吕游,2005年毕业于北京大学,并获得学士学位;2005-2011年于德国马克斯-普朗克煤炭研究所攻读博士学位,主要进行半经验方法的发展和激发态模拟的相关研究。博士后期间继续从事溶剂化的有机体系激发态动力学研究工作以及Tcl-Chemshell的改进和优化。2012-2014年,在荷兰 Amsterdam Density Functional company (SCM公司) 进行科学研究工作,开展了对基于密度泛函的紧束缚模型(DFTB)以及色散校正的相关研究。2014年至今,作为资深计算科学家全职加入英国UKRI STFC Daresbury Laboratory工作,先后主持Py-Chemshell程序的全栈设计和开发,并致力于将其用于材料科学计算和生物大分子体系模拟的研究。


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